税務調査でよく聞かれる点として複数会社がある場合に関係会社との取引が妥当なのかどうか、またその金額が適切なのかどうかを確認してきます。
例えば、消費税逃れのために、何の意味のない新しい会社を作って、免税を受けようとする場合は、たくさんの否認事例があります。
仮に役員や株主など形式的に別の人を用意できたとしても、実質的には同じ会社とみなされれば税務署は法律的にOKだったとしても、覆して課税してきます。(行為計算の否認と言います)。
逆に言うと、この手により消費税を免税しようと考える場合、つまり子会社や兄弟会社を作り、消費税免税を検討している場合、当該会社の設立理由が免税だけではない理由、例えば事業区分ごとに子会社を作った、得意先ごとに子会社を作った、等という理由にしてください。
また関係会社を使って節税をする方法として、関係会社に架空の発注をする場合、もしくは発注金額が多額である場合などが考えられます。
このため関係会社に発注をする場合、「外注費に実体があるか」「金額が世間相場として高くないか」「資本関係のない外注先があればそこと比較して金額が高すぎないか」などの視点で調査されます。
関係会社との取引を行う場合、その取引価額や取引条件が合理的かどうかは常に確認をしておく必要があります。